Organem podatkowym właściwym w sprawach podatków i opłat unormowanych w ustawie o podatkach i opłatach lokalnych, a więc również w sprawach zmniejszenia podatku od nieruchomości, jest wójt (burmistrz, prezydent miasta).

A zatem organem pierwszej instancji jest wójt lub odpowiednio – w zależności od rodzaju jednostki samorządu terytorialnego – burmistrz lub prezydent miasta. Organem odwoławczym natomiast we wszelkich sprawach związanych ze zmniejszeniem podatku od nieruchomości jest SKO (Samorządowe Kolegium Odwoławcze).

Jeszcze przed nowelizacją przepisów, to jest przed rokiem 2003, sytuacja właściwości organu nie była tak jasna i przejrzysta. Wówczas była bowiem mowa nie o wójcie, ale o przewodniczącym zarządu jednostki samorządu terytorialnego. Rodziło to dziwne sytuacje, w których przyczyną sporu było ustalenie, czy decyzja wydana przez wójta, jest prawomocna, czy też nie jest on organem decydującym w sprawach podatków lokalnych.

Niejednokrotnie jednostki samorządu terytorialnego zmieniały po prostu pieczęcie, na których zamiast słowa „wójt” widniało „przewodniczący zarządu jednostki samorządu terytorialnego”. Był to oczywiście czysty absurd i dobrze się stało, że nowelizacja ustawy ujednoliciła właściwość organu podatkowego.